DOCUMENTACION
Los nativos sufrieron las consecuencias de múltiples brotes epidémicos tanto de viruela como de sarampión, dos enfermedades que en los siglos XVII y XVIII podían ser diagnosticadas con cierta facilidad, no así la gripe, conocida con el apelativo de “romadizo” cuya distinción de otras fiebres era difícil de hacer. Aun en el siglo XVII se observó que la mayor parte de enfermos, de cualquiera de las tres enfermedades, eran nativos; hubo muy pocos criollos (españoles nacidos en suelo americano) y prácticamente ninguno nacido en Europa.
La viruela fue una de las enfermedades que afectó frecuentemente a la población de la Audiencia en el siglo XVIII; sus secuelas fueron largamente reseñadas en libros de la época permitiendo conocer sus estragos, así como en varios documentos de la época. Durante todo el siglo XVI las enfermedades virales sembraron el caos entre las sociedades desmoralizadas y vencidas de los andinos, en territorios que ahora son parte de países como Colombia, Ecuador, Perú, Bolivia y las regiones norte de Argentina y Chile; existen testimonios aterradores del holocausto que se produjo. A la mortandad provocada por las epidemias se sumó el trabajo esclavizante en las minas situadas a grandes altitudes, por consiguiente, solamente los nativos andinos podían trabajar en ellas; y lo hacían en condiciones infrahumanas.